Biopython：计算分子生物学的 Python 工具集

Biopython 是面向计算分子生物学的开源 Python 工具集，提供序列处理、比对、系统发生与蛋白结构等常用功能，帮助研究者用 Python 完成生物信息学分析。

这个工具是什么

Biopython 项目由国际开发者协作维护，提供可自由获取的 Python 工具，用于计算分子生物学与生物信息学。其官方 Git 仓库托管于 GitHub，用户文档《Biopython Tutorial and Cookbook》与 API 文档由 Sphinx 从仓库生成。包通过 PyPI 与 conda-forge 分发，自 1.70 版起在 PyPI 提供 Linux、macOS 与 Windows 的预编译 wheel。若在科研发表中使用 Biopython，README 建议引用 Cock 等 2009 年发表于 Bioinformatics 的应用说明。

核心能力

• 提供序列处理、序列比对、系统发生与蛋白结构等模块，覆盖常见分子生物学分析任务
• 通过 pip 或 conda 安装，自 1.70 起提供 Linux、macOS、Windows 预编译 wheel，无需编译器
• 依赖 NumPy，使用 pip 安装时会自动安装；另有若干可选依赖按所用模块选择
• 支持 Python 3.10 至 3.14 及 3.15 候选版，并支持 PyPy3.10 v7.3.17 及更高版本

科研中的典型用法

• 读取与解析核酸或蛋白序列文件，进行序列层面的常规操作与格式转换
• 执行序列比对并基于比对结果构建和分析系统发生树
• 处理蛋白质结构数据，用于结构相关的计算与分析流程

快速上手

推荐使用 pip 安装：pip install biopython，升级用 pip install --upgrade biopython，卸载用 pip uninstall biopython。自 1.70 起 PyPI 提供 Linux、macOS、Windows 预编译 wheel，安装较快且无需编译器。也可从 conda-forge 安装。Biopython 依赖 NumPy，用 pip 安装时会自动安装。入门可阅读官网的 Biopython Tutorial and Cookbook 与 API 文档。

生态与相近工具

同领域还有 BioJava、BioPerl、Bioconductor 等面向其他语言或统计环境的工具，以及各类专用 Python 包。Biopython 的定位是通用型 Python 工具集，适合以 Python 为主、需要序列、比对、系统发生与结构等多类功能的流程；若只需单一功能，可评估更专用的库。README 未列出具体替代工具，选择时可结合自身语言环境与模块需求判断。

项目信息

• 仓库：biopython/biopython
• 星标：5,199　·　派生：1,953
• 主要语言：Python
• 许可证：NOASSERTION
• 最近提交：2026-09-16
• 项目主页：http://biopython.org/

本文属于《学科研究工具知识库 · 生命科学》第 1 篇（按 GitHub 星标排序）。收录标准：该学科公开可获取的开源研究工具，星标与活跃度为主要参考，不代表对其性能或适用性的背书；选型前请结合自身场景评估。