硫源驱动IGTS8燃料脱硫菌基因表达全局重塑的RNA-seq研究
在燃料生物脱硫条件下，模式菌株Rhodococcus qingshengii IGTS8的转录组随硫源与生长阶段发生广泛重排，其中对数后期转录响应最强；作者据此提示该状态下的细胞优先维持稳态与保护，而非增殖。 采用时间序列比较RNA-seq设计，将IGTS8分别以二苯并噻吩（DB
单细胞与空间图谱揭示弥漫性胶质瘤IDH相关恶性与免疫结构差异
基于69例肿瘤的单细胞、单核与空间转录组图谱，研究提示IDH状态与恶性细胞状态构成及免疫浸润格局相关：IDH突变型以分化谱系样状态为主且免疫浸润减少，而GBM中ALPC与缺氧状态扩增并伴髓系、淋系浸润增加。 研究为肿瘤样本的分子图谱分析，采用scRNA-seq、snRNA-seq
GWAS与基因编辑解析紫花苜蓿MsCBF8-MsGolS2耐旱调控模块
该研究提示，MsCBF8作为耐旱正调控因子，通过直接结合MsGolS2启动子GCCGAC顺式元件激活其表达，过表达可增强苜蓿耐旱性且不损害生长，但结论主要来自同源四倍体背景下的遗传与生理实验。 设计为遗传学功能研究：在苜蓿中开展全基因组关联分析（GWAS）鉴定出CBF/DREB1
成纤维细胞相关TPM2连接细胞基质重塑与肝内胆管癌吉西他滨耐药
成纤维细胞相关TPM2可能将细胞基质重塑与EMT-Notch信号及吉西他滨耐药相联系。 整合4个单细胞RNA测序数据集共50176个细胞，并结合TCGA转录组与药敏分析。
DirectClean：面向Nanopore直接cDNA转录组测序的伪影识别预处理与读段挽救框架
结论：DirectClean在直接cDNA转录组数据中较Pychopper保留更多读段与碱基，并降低嵌合读段比例，提示其可提升下游异构体与融合分析的可靠性；属工具开发类证据。 设计：方法学开发与基准评测，在4套直接cDNA数据集上与Pychopper比较，并行半合成验证与真实数据
柠檬肠梭菌及相关肠道菌群物种通过产生生物活性小分子调控霍乱弧菌生物膜形成
肠道共生菌柠檬肠梭菌及相关菌群物种可通过产生生物活性小分子调控霍乱弧菌生物膜形成。 研究以人粪便有机提取物观察霍乱弧菌基因表达，并用柠檬肠梭菌纯培养提取物进行验证。
犬慢性肠病粪便微生物组聚类分型与代谢谱及治疗结局差异
在犬慢性肠病（CE）队列中，基于粪便微生物组的无监督聚类可区分出两个亚型；其中Cluster 2表现为菌群失调，且该亚型在基线CCECAI>3的犬中治疗后缓解比例低于Cluster 1，提示微生物组分型可能与治疗结局相关。 研究为横断面取样加治疗前后对比的观察性设计：纳入CE犬5
GCB-DLBCL高CNV暗区恶性细胞状态与不良预后
在GCB-DLBCL中，单细胞与批量转录组整合分析识别出一个高拷贝数变异（CNV）、富集暗区样程序的恶性细胞状态M-C2，其丰度升高与总生存期较差相关，并伴抗原呈递能力下降。 研究整合单细胞转录组与推断CNV分析刻画恶性B细胞状态，采用调控子分析、功能注释与scPAGWAS探讨调
转座子来源嵌合RNA的结构与功能图景：分类、生成机制与生理病理作用（综述）
结论：该综述提出转座子（TE）来源嵌合RNA是转录组创新、进化适应与疾病病因的重要驱动因素，属综述层面的整合性判断，非原始实验证据。 设计：叙述性综述，系统梳理TE来源嵌合RNA的结构与功能图景，将其分为TE-编码基因嵌合、TE-lncRNA嵌合与TE-TE嵌合三类；未涉及样本量
长读长测序解析转录组复杂性的端到端路线图综述
该综述提示，以PacBio与ONT为代表的长读长测序可直接观测完整RNA分子，有望突破短读长在重建全长转录本与解析重复区域（含转座元件）方面的瓶颈，但属方法学综述，不足以下结论认为其已可常规替代现有流程。 研究设计为叙述性综述，旨在提供从平台与文库策略选择到核心计算处理与下游解读
