贝莱斯芽孢杆菌A5抑制烟草根腐病及真菌几丁质代谢基因表达
结论方向：A5菌株在平板对峙中对4种烟草根腐病相关镰刀菌表现广谱拮抗，并可影响病原菌UDP-N-乙酰葡糖胺相关代谢基因表达，提示其可能作为烟草根腐病生防候选资源；证据档位C，属实验室层面提示性结果。 研究设计与做法：从烟草根际分离100株细菌，用平板对峙法筛选获得广谱拮抗菌A5；
144例肝内胆管癌基因组与空间免疫图谱揭示TIGIT相关免疫活化亚型
在144例肝内胆管癌（iCCA）队列中，整合转录组、DNA panel测序与多重免疫组化分析显示，免疫检查点调控呈明显的情境依赖性异质性；TIGIT可界定一个免疫活化亚型，提示其作为分层生物标志物的可能，但证据档位为C，尚不足以下临床结论。 研究为单队列观察性分子与空间免疫图谱分
HIV-1 Vpr诱导原代CD4+ T细胞B细胞样表型
结论：多组学分析提示，HIV-1 Vpr可在原代CD4+ T细胞中诱导B细胞样转录程序，方向为促进B细胞相关基因表达；该发现属机制探索性结果，尚不足以推断临床意义。 研究设计与做法：采用整合多组学方法，在急性感染条件下识别HIV-1 RNA阳性CD4+ T细胞；通过Vpr过表达与
绿色合成辣椒源MgO纳米颗粒对耐多药溶血葡萄球菌生物膜及MCF-7细胞的影响
结论：辣椒提取物介导合成的MgO纳米颗粒（CAE/MgONPs）在体外可降低部分耐多药溶血葡萄球菌分离株的生物膜生物量，并浓度依赖地降低MCF-7细胞活力；但抗生物膜与转录调控效应呈菌株依赖性，方向不一致，证据档位为C，尚不足以下结论。 设计：体外实验研究。自20份血液标本分离出
TOMM5与口腔癌进展：从单细胞图谱到体外验证的多组学分析
结论：多组学分析与体外实验提示，TOMM5在口腔癌组织中高表达，并与肿瘤进展、免疫浸润减少及部分药物敏感性相关；证据档位为C，主要为生信关联加细胞水平功能实验，尚不足以下因果结论。 设计：生物信息学分析结合体外实验：利用全球RNA-seq与芯片数据集分析表达谱与临床意义，用scR
硫源驱动IGTS8燃料脱硫菌基因表达全局重塑的RNA-seq研究
在燃料生物脱硫条件下，模式菌株Rhodococcus qingshengii IGTS8的转录组随硫源与生长阶段发生广泛重排，其中对数后期转录响应最强；作者据此提示该状态下的细胞优先维持稳态与保护，而非增殖。 采用时间序列比较RNA-seq设计，将IGTS8分别以二苯并噻吩（DB
单细胞与空间图谱揭示弥漫性胶质瘤IDH相关恶性与免疫结构差异
基于69例肿瘤的单细胞、单核与空间转录组图谱，研究提示IDH状态与恶性细胞状态构成及免疫浸润格局相关：IDH突变型以分化谱系样状态为主且免疫浸润减少，而GBM中ALPC与缺氧状态扩增并伴髓系、淋系浸润增加。 研究为肿瘤样本的分子图谱分析，采用scRNA-seq、snRNA-seq
GWAS与基因编辑解析紫花苜蓿MsCBF8-MsGolS2耐旱调控模块
该研究提示，MsCBF8作为耐旱正调控因子，通过直接结合MsGolS2启动子GCCGAC顺式元件激活其表达，过表达可增强苜蓿耐旱性且不损害生长，但结论主要来自同源四倍体背景下的遗传与生理实验。 设计为遗传学功能研究：在苜蓿中开展全基因组关联分析（GWAS）鉴定出CBF/DREB1
DirectClean：面向Nanopore直接cDNA转录组测序的伪影识别预处理与读段挽救框架
结论：DirectClean在直接cDNA转录组数据中较Pychopper保留更多读段与碱基，并降低嵌合读段比例，提示其可提升下游异构体与融合分析的可靠性；属工具开发类证据。 设计：方法学开发与基准评测，在4套直接cDNA数据集上与Pychopper比较，并行半合成验证与真实数据
成纤维细胞相关TPM2连接细胞基质重塑与肝内胆管癌吉西他滨耐药
成纤维细胞相关TPM2可能将细胞基质重塑与EMT-Notch信号及吉西他滨耐药相联系。 整合4个单细胞RNA测序数据集共50176个细胞，并结合TCGA转录组与药敏分析。
