硫源驱动IGTS8燃料脱硫菌基因表达全局重塑的RNA-seq研究
在燃料生物脱硫条件下，模式菌株Rhodococcus qingshengii IGTS8的转录组随硫源与生长阶段发生广泛重排，其中对数后期转录响应最强；作者据此提示该状态下的细胞优先维持稳态与保护，而非增殖。 采用时间序列比较RNA-seq设计，将IGTS8分别以二苯并噻吩（DB
ProST：图像提示引导的多模态表征学习用于空间域识别
作者提出ProST框架，在多个空间转录组数据集上报告其在空间域识别、可视化、空间轨迹推断与基因表达填补方面一致优于现有方法；该结论基于作者自选数据集的基准比较，属方法学提示性证据，尚不足以断言普适优越性。 研究为计算方法的开发与基准评测，非临床研究。ProST以组织学图像作为图像
BioMod：以生物模块为单元的单细胞基础模型
作者提出以生物模块作为基因与细胞之间的中间表征单元，构建了约5000万参数的单细胞基础模型BioMod，并在细胞类型注释、零样本批次整合、扰动响应预测与药物响应预测等任务上报告了当前最优性能，方向为性能提升，但属预印本证据。 研究为方法学建模工作：构建了由人工整理通路与数据驱动基
整合转录组与单细胞分析提示CD74为肾结石肾小管细胞铁死亡候选调控因子
研究提示CD74可能与肾结石中肾小管上皮细胞的铁死亡相关损伤有关，并可能涉及NF-κB信号通路。 采用乙醛酸诱导小鼠模型，结合批量转录组、蛋白互作与单细胞分析，观察草酸钙沉积、肾功能及铁死亡相关指标变化。
ROMO1 与类风湿关节炎：GWAS/孟德尔随机化 + 单细胞 + 空间的四层整合
Autoimmunity · 2026-09-05 · 期刊论文 用孟德尔随机化（MR）+ 差异表达 + 机器学习选特征锁定线粒体 ROS 调控因子 ROMO1；再以单细胞 RNA + 空间转录组，把 ROMO1 相关免疫细胞定位到滑膜微环
胶质母细胞瘤与结直肠癌：保守 miRNA 网络调控 PD-1/PD-L1
筛出 5 个在 GBM 与 CRC 中一致失调的保守 miRNA：miR-106a-5p、miR-106b-5p、miR-20a-5p、miR-20b-5p、miR-138-5p。 上调组：miR-106a/106b-5p 在两癌中均上调且预后较好（表达越高生存越好）；miR-2
GWAS与基因编辑解析紫花苜蓿MsCBF8-MsGolS2耐旱调控模块
该研究提示，MsCBF8作为耐旱正调控因子，通过直接结合MsGolS2启动子GCCGAC顺式元件激活其表达，过表达可增强苜蓿耐旱性且不损害生长，但结论主要来自同源四倍体背景下的遗传与生理实验。 设计为遗传学功能研究：在苜蓿中开展全基因组关联分析（GWAS）鉴定出CBF/DREB1
稻瘟病菌种复合体：宿主专一化的"受限可塑性"框架
背景：稻瘟病威胁全球水稻生产，小麦瘟的出现说明该病原具备宿主跳跃能力；Magnaporthe oryzae 并非均一种，而是遗传分化、宿主适应的谱系复合体。 框架：整合演化基因组学、转录组学与代谢组学，提出"受限可塑性（Constrained Plasticity）"，认为宿主适
Metabonaut：面向可重复脚本化非靶向LC-MS/MS代谢组学的开放教育资源
该教育性综述提出，非靶向LC-MS/MS代谢组学中从原始文件到特征表的分析流程难以共享、审计与复用，并以开放教育资源Metabonaut为例，展示如何将FAIR原则从数据延伸至分析流程，属方法学与教育层面的论述而非实证疗效研究。 研究类型为教育性综述，基于R for Mass S
DeepVariant：基于深度学习的胚系变异检测流程
DeepVariant 是一个用卷积神经网络从二代测序比对数据中检测遗传变异的分析流程，输入 BAM/CRAM，输出标准 VCF 或 gVCF。
