成纤维细胞相关TPM2连接细胞基质重塑与肝内胆管癌吉西他滨耐药
成纤维细胞相关TPM2可能将细胞基质重塑与EMT-Notch信号及吉西他滨耐药相联系。 整合4个单细胞RNA测序数据集共50176个细胞,并结合TCGA转录组与药敏分析。
成纤维细胞相关TPM2可能将细胞基质重塑与EMT-Notch信号及吉西他滨耐药相联系。 整合4个单细胞RNA测序数据集共50176个细胞,并结合TCGA转录组与药敏分析。
研究提示CD74可能与肾结石中肾小管上皮细胞的铁死亡相关损伤有关,并可能涉及NF-κB信号通路。 采用乙醛酸诱导小鼠模型,结合批量转录组、蛋白互作与单细胞分析,观察草酸钙沉积、肾功能及铁死亡相关指标变化。
研究报道升高CO2与拟南芥三维染色质的大范围重排相关,涉及从染色体区室到局部结构的多尺度变化。 在四种突变背景中采用Hi-C染色质构象捕获测序,分析升高CO2下的三维基因组组织。
单核转录组显示牡蛎成体脑神经节与内脏神经节在细胞组成和神经元转录程序上存在差异。 对成年太平洋牡蛎的脑神经节与内脏神经节行单核RNA测序,构建细胞类型图谱并作比较分析。
生命科学方向雷达:细胞状态坐标化:从聚类到球面几何、候选因子的多源证据链整合、节律与时序组学:采样间隔决定结论。本期多篇单细胞研究不再问“有没有差异”,而是问细胞类型、状态坐标与空间位置怎么定,提问从差异有无转向坐标与定位。
该研究提示,MsCBF8作为耐旱正调控因子,通过直接结合MsGolS2启动子GCCGAC顺式元件激活其表达,过表达可增强苜蓿耐旱性且不损害生长,但结论主要来自同源四倍体背景下的遗传与生理实验。 设计为遗传学功能研究:在苜蓿中开展全基因组关联分析(GWAS)鉴定出CBF/DREB1
作者提出ProST框架,在多个空间转录组数据集上报告其在空间域识别、可视化、空间轨迹推断与基因表达填补方面一致优于现有方法;该结论基于作者自选数据集的基准比较,属方法学提示性证据,尚不足以断言普适优越性。 研究为计算方法的开发与基准评测,非临床研究。ProST以组织学图像作为图像
该研究提示,基于单核表达谱构建的转录组插补模型可在主要脑细胞类型中定位遗传调控表达,并揭示大量在 bulk 组织分析中检测不到的基因—性状关联;跨 ancestry 分析支持这些关联的可重复性,方向为正向发现,但属观察性遗传学证据,尚不足以下因果结论。 研究设计为转录组范围关联研
在燃料生物脱硫条件下,模式菌株Rhodococcus qingshengii IGTS8的转录组随硫源与生长阶段发生广泛重排,其中对数后期转录响应最强;作者据此提示该状态下的细胞优先维持稳态与保护,而非增殖。 采用时间序列比较RNA-seq设计,将IGTS8分别以二苯并噻吩(DB
在新诊断原发中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)患者中,基于基线血浆蛋白组学可划分出两种蛋白组状态,其中炎症型状态与更短的总生存和无进展生存相关,提示其可能具有预后分层价值。 研究为预后标志物开发与验证设计,纳入法国LOC网络162例新诊断PCNSL患者基线血浆,训练集84例、测试集