OpenMM：高性能分子模拟工具包
OpenMM 是一个分子模拟工具包，可作为独立应用运行模拟，也可作为库从自有代码调用，支持自定义力与积分器，并利用 GPU 加速。
网络药理学、分子对接与分子动力学模拟的整合性计算机综述
综述认为整合网络药理学、分子对接与分子动力学模拟可为药物发现提供较全面的计算框架。 采用计算机模拟综述方式，梳理三类方法在靶点识别、机制探索、虚拟筛选与先导优化中的分工。
基于结构的肽聚糖生物合成抑制剂发现与抗菌评价
结论方向：该研究提出一套整合的基于结构策略，用于识别和表征潜在肽聚糖生物合成抑制剂，覆盖靶点选择、虚拟筛选、分子对接、构效关系分析与抗菌评价；材料未报告具体抗菌活性数据，故仅提示该策略具备筛选潜力，尚不足以下结论。 研究设计与做法：属计算与结构导向的发现型研究，围绕MurA、Mu
川芎来源协同抗真菌剂ligustrumdiol A的全合成与机制
结论方向：题名提示该工作报道了来自川芎（Ligusticum chuanxiong）的化合物ligustrumdiol A的全合成、生物评价与作用机制，并称其为协同抗真菌剂；但材料仅给出出版信息，未提供任何结果数据，故无法判断效应方向与强度。 研究设计与做法：材料未报告研究设计与
从头设计黄素蛋白并调控其激发态动力学
结论方向：该预印本报告了一套计算设计框架，可在从头设计蛋白中调控黄素的激发态行为，并据此获得热稳定的黄素结合蛋白；属设计验证性结果，尚不足以支持任何应用层面的结论。 设计与做法：研究为计算设计加超快光谱表征的整合研究，结合蛋白设计、QM/MM MD 与电子结构计算，迭代设计得到
体力活动改善骨骼肌胰岛素敏感性的计算生物标志物与化合物筛选
结论：该假设生成型研究提示WNT4可能参与骨骼肌胰岛素敏感性的动态调控，并提出“内源性代偿—阶段转换”功能假说及候选化合物库；所有发现均为计算预测，方向为提示性，尚不足以下结论。 设计与做法：整合生物信息学与计算化学，使用公共数据集；骨骼肌数据集GSE24215（n=10）为卧床
反离子调控铜配合物分子堆积与磁性的资讯
该资讯提示，在带电π电子体系中，反离子可能通过改变分子堆积与离子对结构影响铜配合物的磁性，方向为反离子调控磁性，但材料仅给出简短摘要，强度不足以下结论。 研究设计与做法：材料未报告，仅说明磁性取决于分子组分与固态组织，带电π电子体系中静电与色散力可组织出不同离子对结构；未报告设计
Icaritin及其N-Boc氨基酸酯衍生物的化学与构效关系
不足以下结论：材料仅为期刊资讯，未提供摘要内容，无法就Icaritin及其N-Boc氨基酸酯衍生物的化学、构效关系与初步机制得出方向性结论。 研究设计与做法：材料未报告设计类型、样本量、干预与对照及随访时长；仅显示该文发表于European Journal of Medicina
多表位疫苗计算设计靶向耐药密歇根克雷伯菌
该计算研究提示，针对多重耐药密歇根克雷伯菌（K. michiganensis）ATCC 8724株设计的多表位疫苗（MEV）在免疫信息学层面具备候选潜力，但作者明确指出仍需进一步实验验证，因此当前证据不足以支持其实际保护效果。 研究设计为计算系统免疫学与多尺度建模，非体内或体外实
基于分子对接的胸苷酸合成酶抑制剂预测
结论：作者以5-氟尿嘧啶（5-FU）为先导设计6个潜在人胸苷酸合成酶（hTS）抑制剂，对接结果显示多数设计化合物与hTS结合亲和力较强、结合模式与5-FU相似；属计算预测层面的提示性证据。 设计与做法：计算机模拟（in silico）研究，以5-FU为先导化合物设计6个hTS抑制
