Open Babel:化学数据格式转换与分子处理工具箱
Open Babel 是一个开源化学工具箱,用于读取、写入和转换多种化学文件格式,并支持分子数据的搜索、过滤与坐标生成。
Open Babel 是一个开源化学工具箱,用于读取、写入和转换多种化学文件格式,并支持分子数据的搜索、过滤与坐标生成。
结论:分子对接结果显示Hyptis verticillata来源的齐墩果酸等植物化学物与TGF-β1结合亲和力较强,提示其可能具有抑制TGF-β1信号的潜力;属计算预测,方向为结合亲和力层面的提示,未涉及生物活性验证。 设计与做法:属计算/分子对接研究。作者从PubChem获取H
化学方向雷达:计算筛选流水线化、RNA小分子口袋挖掘、多靶点通路协同假说。计算类条目占据压倒性多数,提问方式已从“这个化合物有没有活性”转向“用什么模型、什么参数、什么靶点构象去筛”。
该综述认为,从网络药理学到机器学习、分子对接与分子动力学的自上而下多尺度流程,结合自下而上的实验反馈,可构成加速抗结核先导化合物发现并应对耐药性的闭环范式;方向为积极但附条件,强度为综述性判断。 研究设计为系统性文献综述,非原始实验;材料未报告样本量、干预与对照、随访时长。综述按
Boltz 是一系列开源模型,用于预测生物分子复合物结构及结合亲和力,支持早期药物发现中的虚拟筛选与先导优化。
该文标题指向电合成中的深度还原方法,可能涉及还原程度或选择性的改进;因无摘要,方向与强度不足以下结论。 研究设计与做法材料未报告:无摘要,仅依据标题判断,可能为方法学或评述类文章,样本量、干预与对照、随访时长均材料未报告。
结论:作者合成了一系列苯并咪唑-1,2,3-三唑杂合物,体外筛选提示氟代衍生物对革兰阳性菌和真菌活性增强、甲氧基取代物对革兰阴性菌活性较好,其中化合物 7b 与 7f 活性最具前景;该结论为体外筛选与对接层面的「提示」,尚不足以支持临床有效性。 设计与做法:属化学合成与体外活性筛
研究以计算手段筛选中药化合物库,寻找靶向大肠杆菌DNA旋转酶B亚基的潜在抑制剂。 针对PDB 6F86靶点,依次采用机器学习模型、药效团过滤、Lipinski规则评估、分子对接与MM/GBSA计算。
Abstract Thyroid hormone receptor beta (THRβ) is a key therapeutic target for metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease and d
综述认为整合网络药理学、分子对接与分子动力学模拟可为药物发现提供较全面的计算框架。 采用计算机模拟综述方式,梳理三类方法在靶点识别、机制探索、虚拟筛选与先导优化中的分工。