标签:化学

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CDK6结构导向药物重定位:319种非抗肿瘤药物的分子对接与动力学分析

通过分子对接与分子动力学模拟,度他雄胺、达那唑与氮卓斯汀被识别为可稳定占据CDK6 ATP结合位点的候选骨架,其中氮卓斯汀预测结合能最接近参照抑制剂阿贝西利;但均为计算预测,尚无生化或细胞层面证据支持其生物学相关性。 研究为计算结构生物学方法:以预测的人CDK6-Cyclin D

从粗粒化分子动力学到生物分子凝聚体连续模型:以FUS低复杂度结构域为例

结论:Cahn-Hilliard方程可描述无序蛋白相分离的动力学过程,自由能泛函可跨阶段迁移而迁移率不可;属计算模拟层面的「证据支持」,实验外推不足以下结论。 设计:计算建模研究,以FUS低复杂度结构域为模型体系,用粗粒化分子动力学模拟推断Cahn-Hilliard方程中的自由能

8-氨基吲哚里西啶非对映体与吡唑基哌啶酮杂合物的合成及抗癌活性

体外筛选提示,合成的吡唑基哌啶酮/8-氨基吲哚里西啶杂合物中化合物18b对A549细胞活性最强,IC50为22.46±3.03 μM,与顺铂(22.06±2.57 μM)相近,对HEK293细胞毒性较低,选择性指数2.78;该结果属细胞水平初步提示,尚不足以支持临床抗癌结论。 研

膀胱癌免疫原性细胞死亡多组学分析及NU-1025计算药物筛选

基于TCGA与GEO转录组数据的整合生物信息学分析,作者识别出两种免疫原性细胞死亡(ICD)分子亚型,并构建八基因ICD风险模型;计算筛选提名NU-1025为可逆转高危基因表达模式的候选化合物,属纯计算与回顾性数据研究,证据档位为C,尚不足以下临床结论。 研究为生物信息学与计算药

基于网络药理学、实验验证与分子对接探讨逍遥散治疗双相障碍的机制

研究提示逍遥散可能通过调控炎症通路中的STAT3、AKT1、IL-6、MAPK3等多靶点改善双相障碍样表现;该结论主要来自动物模型与计算预测,尚不足以下结论用于临床。 采用网络药理学预测、分子对接与动物实验验证相结合的策略;动物模型为Ank3基因敲低联合慢性社会挫败应激诱导的双相

监督分子动力学模拟捕捉HuR结构域闭合过程

该研究用分子动力学模拟比较HuR的apo开放态与RNA结合闭合态,发现常规模拟无法捕捉开放到闭合的转变,遂将监督分子动力学(SuMD)拓展用于分子内结构域闭合,成功重现类实验RNA结合构象并提出可能的再闭合路径;结果提示该方法可扩展至分子内构象转变研究,属计算模拟层面的机制提示。

MdDOX-Co同源物揭示新型赤霉素代谢支系与单残基催化开关

证据支持:在实验体系中,MdDOX-Co同源物在赤霉素羟化位点上呈现分化,可分为具12α-羟化活性与具2-羟化活性两类;单残基替换T214P可将催化活性由12α-羟化转为2β-羟化。 设计为分子与生化研究,结合系统发育分析、重组酶生化实验与GC-MS检测,并采用酶结构预测、分子对