肠道菌群代谢物与骨质疏松的微生物-底物-代谢物-靶点网络分析
研究构建计算性假设生成框架，将肠道菌群相关代谢物与骨质疏松关联，并保留上游微生物来源与底物信息。 基于gutMGene、PubChem获取代谢物与肠道宿主靶点，用SEA和SwissTargetPrediction预测候选靶点，从CTD、GeneCards、OMIM获取骨质疏松靶点
越鞠丸干预桥本甲状腺炎的TNF-NF-κB与PI3K-Akt协同调控：网络药理学与分子对接研究
结论方向：整合计算分析提示，越鞠丸可能通过协同调控炎症与生存/凋亡相关信号通路对桥本甲状腺炎发挥作用，作者据此提出可检验的“双轴核心”假说，属计算预测而非实验验证。 研究设计与做法：为网络药理学与分子对接的计算研究，无临床样本与随访；流程包括候选活性化合物与潜在靶点识别、PPI网
紫草素经突变诱导口袋识别靶向癌症相关PKM2突变体的分子研究
研究提示紫草素对部分PKM2突变体可能通过突变诱导的新口袋实现识别，而非仅依赖野生型的经典活性位点。 采用分子对接与1微秒分子动力学模拟，比较紫草素在野生型PKM2及六种突变体中的结合模式与构象动态。
CapV荧光探针优化及环二核苷酸结构对CapV激活的影响
结论：通过延长resorufin酯探针的酰基链，可获得对cGAMP激活依赖性更高的CapV荧光报告体系；据此提示环二核苷酸的磷酸二酯骨架与2'-羟基是维持CapV激活的关键结构要素（证据支持，基于体外酶学与计算模拟）。 设计：体外基础研究，非人体或动物样本；以来自Acinetob
双噁二唑类α-淀粉酶与α-葡萄糖苷酶配体的设计合成及计算评价
研究设计并合成双噁二唑衍生物，评估其作为α-葡萄糖苷酶和α-淀粉酶抑制剂的抗糖尿病潜力。 通过多步有机合成制备目标化合物，用FTIR、NMR、HRMS确证结构，并开展体外酶抑制实验及DFT、分子对接与ADME计算研究。
粗粒化分子动力学模拟P188对两种AAV8衣壳稳定性的影响
在300 K下模拟4000 ns，考察不同浓度P188对两种完整AAV8衣壳结构稳定性与聚集行为的影响。 采用粗粒化分子动力学方法，分析质心间距、残基接触、表面覆盖度、范德华作用、回转半径与相对形状各向异性等指标。
基于网络药理学、实验验证与分子对接探讨逍遥散治疗双相障碍的机制
研究提示逍遥散可能通过调控炎症通路中的STAT3、AKT1、IL-6、MAPK3等多靶点改善双相障碍样表现；该结论主要来自动物模型与计算预测，尚不足以下结论用于临床。 采用网络药理学预测、分子对接与动物实验验证相结合的策略；动物模型为Ank3基因敲低联合慢性社会挫败应激诱导的双相
强化学习用于分子设计：算法分类、基准评测与可合成先导化合物的路径综述
该文为综述性预印本，系统梳理强化学习在从头药物设计与药物结构优化两类范式中的应用，并按算法家族、分子表征与评测基准分层归纳；作者的核心判断是基准上的强表现并不总能转化为真实世界效用，属观点性总结而非原始数据验证。 研究设计为叙述性综述加一个结构优化案例研究；样本量、干预与对照、随
ZnO纳米颗粒粒径对防晒性能及皮肤脂质相互作用的实验与分子动力学研究
研究提示ZnO纳米颗粒粒径可影响防晒配方的SPF及与角质层的分子层面相互作用。 实验测定不同粒径ZnO配方的防晒性能，并用分子动力学模拟表征ZnO与角质层的相互作用。
黏度响应荧光与HSA诱导吸收位移解耦的分子转子探针
结论方向：该铬酰-萘基（HCNP）供体-π-受体分子转子在黏度升高时荧光增强，而与人血清白蛋白（HSA）作用时主要表现为吸收红移而非荧光开启，二者被解耦为两种可区分的读出信号；证据档位为C，属探针表征类基础研究。 研究设计与做法：为分子探针的光物理表征与结合研究，非临床或动物实验
