网络药理学、分子对接与分子动力学模拟的整合性计算机综述
综述认为整合网络药理学、分子对接与分子动力学模拟可为药物发现提供较全面的计算框架。 采用计算机模拟综述方式，梳理三类方法在靶点识别、机制探索、虚拟筛选与先导优化中的分工。
基于结构的肽聚糖生物合成抑制剂发现与抗菌评价
结论方向：该研究提出一套整合的基于结构策略，用于识别和表征潜在肽聚糖生物合成抑制剂，覆盖靶点选择、虚拟筛选、分子对接、构效关系分析与抗菌评价；材料未报告具体抗菌活性数据，故仅提示该策略具备筛选潜力，尚不足以下结论。 研究设计与做法：属计算与结构导向的发现型研究，围绕MurA、Mu
川芎来源协同抗真菌剂ligustrumdiol A的全合成与机制
结论方向：题名提示该工作报道了来自川芎（Ligusticum chuanxiong）的化合物ligustrumdiol A的全合成、生物评价与作用机制，并称其为协同抗真菌剂；但材料仅给出出版信息，未提供任何结果数据，故无法判断效应方向与强度。 研究设计与做法：材料未报告研究设计与
从头设计黄素蛋白并调控其激发态动力学
结论方向：该预印本报告了一套计算设计框架，可在从头设计蛋白中调控黄素的激发态行为，并据此获得热稳定的黄素结合蛋白；属设计验证性结果，尚不足以支持任何应用层面的结论。 设计与做法：研究为计算设计加超快光谱表征的整合研究，结合蛋白设计、QM/MM MD 与电子结构计算，迭代设计得到
OpenMM：高性能分子模拟工具包
OpenMM 是一个分子模拟工具包，可作为独立应用运行模拟，也可作为库从自有代码调用，支持自定义力与积分器，并利用 GPU 加速。
反离子调控铜配合物分子堆积与磁性的资讯
该资讯提示，在带电π电子体系中，反离子可能通过改变分子堆积与离子对结构影响铜配合物的磁性，方向为反离子调控磁性，但材料仅给出简短摘要，强度不足以下结论。 研究设计与做法：材料未报告，仅说明磁性取决于分子组分与固态组织，带电π电子体系中静电与色散力可组织出不同离子对结构；未报告设计
体力活动改善骨骼肌胰岛素敏感性的计算生物标志物与化合物筛选
结论：该假设生成型研究提示WNT4可能参与骨骼肌胰岛素敏感性的动态调控，并提出“内源性代偿—阶段转换”功能假说及候选化合物库；所有发现均为计算预测，方向为提示性，尚不足以下结论。 设计与做法：整合生物信息学与计算化学，使用公共数据集；骨骼肌数据集GSE24215（n=10）为卧床
多表位疫苗计算设计靶向耐药密歇根克雷伯菌
该计算研究提示，针对多重耐药密歇根克雷伯菌（K. michiganensis）ATCC 8724株设计的多表位疫苗（MEV）在免疫信息学层面具备候选潜力，但作者明确指出仍需进一步实验验证，因此当前证据不足以支持其实际保护效果。 研究设计为计算系统免疫学与多尺度建模，非体内或体外实
Icaritin及其N-Boc氨基酸酯衍生物的化学与构效关系
不足以下结论：材料仅为期刊资讯，未提供摘要内容，无法就Icaritin及其N-Boc氨基酸酯衍生物的化学、构效关系与初步机制得出方向性结论。 研究设计与做法：材料未报告设计类型、样本量、干预与对照及随访时长；仅显示该文发表于European Journal of Medicina
基于分子对接的胸苷酸合成酶抑制剂预测
结论：作者以5-氟尿嘧啶（5-FU）为先导设计6个潜在人胸苷酸合成酶（hTS）抑制剂，对接结果显示多数设计化合物与hTS结合亲和力较强、结合模式与5-FU相似；属计算预测层面的提示性证据。 设计与做法：计算机模拟（in silico）研究，以5-FU为先导化合物设计6个hTS抑制
吲哚-哌嗪类α-酮酰胺衍生物作为Aβ与tau双聚集调节剂的理性设计与评价
结论方向：该文献为期刊出版资讯条目，仅提供题名、期刊、卷期与作者信息，未附摘要；据题名可谨慎推断其主题为吲哚-哌嗪类 α-酮酰胺衍生物作为靶向 Aβ 与 tau 双聚集调节剂的理性设计、合成与生物学评价，方向与强度均不足以下结论。 研究设计与做法：材料未报告。题名提示涉及理性设计
虚拟药物筛选中计算化学的演进：小型综述
该小型综述指出，基于结构与基于配体的药物设计互为补充，分子对接、分子动力学、QSAR、药效团建模与ADMET预测等方法可提升候选分子筛选效率，但结果可靠性取决于结构、数据与模型质量，属叙述性综述层面的证据支持。 研究为叙述性文献综述，检索Scopus、Web of Science
苯甲酰肼类胆碱酯酶抑制剂的设计合成与X射线表征
基于摘要信息，该研究围绕苯甲酰肼衍生物作为胆碱酯酶抑制剂用于阿尔茨海默病治疗展开设计与合成。 采用实验与计算相结合的方法，对目标化合物进行设计、合成，并通过X射线表征其结构。
Large-scale prospective evaluation of co-folding across hundreds of Mac1–ligand complexes and three virtual screens
Abstract Accurate prediction of ligand-bound protein complexes and ranking them by affinity are central problems in drug discovery. While de
多尺度计算方法在抗结核感染药物研发中的应用进展
该综述认为，从网络药理学到机器学习、分子对接与分子动力学的自上而下多尺度流程，结合自下而上的实验反馈，可构成加速抗结核先导化合物发现并应对耐药性的闭环范式；方向为积极但附条件，强度为综述性判断。 研究设计为系统性文献综述，非原始实验；材料未报告样本量、干预与对照、随访时长。综述按
聚乙烯纳米塑料链长依赖的人过氧化氢酶相互作用模拟
结论方向：该预印本提示短链聚乙烯片段可能抑制人过氧化氢酶，而长链片段更倾向停留在外周表面；结论来自计算模拟，属提示性证据，不足以判定实际毒性。 设计与做法：研究采用分子对接与全原子分子动力学模拟，比较重复单元数 n=3、5、7、14 的聚乙烯寡聚物与人过氧化氢酶（四聚体血红素酶）
化学方向雷达 · 2026-W42｜计算流水线化、蛋白从头设计、多尺度闭环
化学方向雷达：流程即成果：分子准备与筛选基准、从头设计蛋白的功能态调控、多尺度闭环：从网络到先导的整合。本期提问方式从“化合物有没有活性”转向“用什么模型、参数与靶点构象去筛”，计算流程本身成为被评价对象。
通路驱动的机器学习与虚拟筛选框架识别抗类风湿关节炎天然小分子
结论：研究构建了整合机器学习、靶点优选与虚拟筛选的通路驱动框架，将补体与凝血级联及C3AR1列为候选，并优先推荐天然化合物SM1；但外部验证判别力有限，整体属「提示」层面，证据档位为C。 设计与做法：纳入16个RA相关GEO数据集，15个队列用于建模、1个留作独立外部验证；以GS
CapV荧光探针优化及环二核苷酸结构对CapV激活的影响
结论：通过延长resorufin酯探针的酰基链，可获得对cGAMP激活依赖性更高的CapV荧光报告体系；据此提示环二核苷酸的磷酸二酯骨架与2'-羟基是维持CapV激活的关键结构要素（证据支持，基于体外酶学与计算模拟）。 设计：体外基础研究，非人体或动物样本；以来自Acinetob
强化学习用于分子设计：算法分类、基准评测与可合成先导化合物的路径综述
该文为综述性预印本，系统梳理强化学习在从头药物设计与药物结构优化两类范式中的应用，并按算法家族、分子表征与评测基准分层归纳；作者的核心判断是基准上的强表现并不总能转化为真实世界效用，属观点性总结而非原始数据验证。 研究设计为叙述性综述加一个结构优化案例研究；样本量、干预与对照、随
