整合虚拟筛选、DFT与分子动力学鉴定SARS-CoV-2 Mpro天然产物抑制剂

Scientific Reports · 2026-10-17 · 期刊论文

• 一句话结论：结论：通过整合虚拟筛选、DFT与分子动力学模拟，从天然产物库中识别出Lig14为SARS-CoV-2 Mpro的候选抑制剂；该结论完全基于计算预测，属提示性证据，尚不足以下实验结论。
• 研究设计与做法：设计：纯计算机辅助药物设计研究，无实验与人群；从ZINC15天然产物库224,205个分子出发，经虚拟筛选、DFT计算与MD模拟逐级筛选，以Paxlovid（奈玛特韦）作为对照参照物。
• 主要结果：主要结果：Lig14结合能为−8.2 kcal/mol，对照Paxlovid为−7.6 kcal/mol；偶极矩12.70 D，HOMO/LUMO能隙123.00 kJ/mol；MM-GBSA结合自由能−31.82±6.64 kcal/mol；MD显示约360 Ų的持续接触面积干扰，亚扩散指数α=0.49、在活性位点内约束35.2 Å；水相溶剂化自由能−41.22至−40.70 kJ/mol。
• 机制或解释：机制：作者解释C145Y突变及G143S、G143D、G143N、E166K中与C145的π-硫键合可能破坏其与H41形成催化二联体，从而影响酶功能；亚扩散运动与持续接触被解释为竞争性抑制剂的结合特征。
• 局限与边界：局限：全部为in silico结果，无体外酶活、细胞或动物验证；作者自述计算方法固有局限，需后续实验验证；未报告人群、随访与利益冲突信息，材料未报告。
• 可否落地：可否落地：目前仅属“提示”档位，可作为先导化合物优先实验验证的线索；在完成生化与细胞实验前，不足以下结论支持其抗病毒活性或临床用途。

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Dharma Paudel, Pooja Shrestha, Saran Lamichhane 等

本文摘自《每日前沿研究简报 · 2026-10-19》「化学信息 / 药物发现」。本内容仅用于研究信息整理与科普交流，不构成医疗建议。